在美国驻古巴关达那摩湾的海军基地，两名海军陆战队员道森和多尼被指控杀害了另一名士兵圣地亚哥。海军律师丹尼尔·卡菲（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）和助手山姆被派接手此桩案件，他们调查到圣地亚哥曾希望调离基地，还举报过道森。卡菲本想进行庭外协调，争取两年刑期。然而 两名士兵坚持自己无罪，他们对圣地亚哥的行为是执行上级给他们下达的“红色条规”。所谓红色条规，就是一种军官默许的由士兵私下进行的训诫条规。卡菲、山姆以及另一名女律师盖洛维（黛米·摩尔 Demi Moore 饰）组成辩方律师进行调查，而基地指
女教师萨曼莎（吉娜·戴维斯 Geena Davis 饰）和8岁的女儿一起在宁静的小镇里过着安逸的生活，一切都令她感到十分满意，除了她曾经失去过部分记忆这一点。在一次车祸中，她失去的记忆开始复苏，而脑中出现的一些零碎片段让她对自己曾经的身份产生了怀疑。通过私家侦探米奇（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）的帮助，萨曼莎得知自己竟是一名联邦调查局的特工，而在调查局里，一个无意中得知了老板秘密的特工是不受欢迎的。萨曼莎仍然健在的消息不胫而走，她能够感觉到，一些非常残暴的恐怖分子正在渐渐接近她
时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身
