本次的剧场版动画“ONE PIECE FILM Z”是以尾田荣一郎原作漫画“海贼王”中“伟大的航道”的后段为背景，讲述在“新世界”某座岛上，出现一艘飘著诡异旗帜的船。由前海军上将Z将军担任首领的“新海军”，目标就是要盗取号称拥有巨大能量、足以跟古代兵器匹敌的珍贵矿石──“原动石”。当Z将军和他的手下艾茵与宾兹成功取得原动石之际，下一步便要启动足以震撼“新世界”的终级计划：“将海贼全数消灭”。
另一方面，正在新世界海域上持续航行的草帽一伙，突然发现漂浮在海上、右臂装著巨大兵器并负伤的Z将军。路飞一行人虽对那异常的兵器产生警戒，却仍旧帮他治疗；然而当Z将军恢复意识，并发现草帽一伙是海贼时，他毫不犹豫开始对他们展开攻击。即使草帽一伙奋力反击，却仍抵挡不了Z将军对于海贼有如复仇般的狂暴攻势。千里阳光号几近全毁，草帽一伙在敌人的“恶魔果实”能力下惨败…。偏偏前方又有海军本部的通缉，以及脱离海军、依然追击草帽一伙的“青稚”。面对强敌侍候，路飞一行人当然不会就此放弃。如今“新世界”的命运正掌握在他们手里，一场前所未见的殊死决斗即将展开！
